W Szczecinie od 1844 roku istniał tzw. przebudzeniowy krąg biblijny prowadzony przez weterana wojen napoleońskich Jana Fryderyka Klaudera. Ów człowiek przeżył swoje przemieniające spotkanie z Chrystusem, które Biblia nazywa ponownym narodzeniem, poprzez czytanie Nowego Testamentu. Po tym doświadczeniu zaczął głosić o prawdach biblijnych, które odkrył. Z czasem zaczął zastanawiać się nad zasadnością chrztu niemowląt i swoimi przemyśleniami dzielił się ze swoimi znajomymi z grupy biblijnej. W 1845 roku Klauder przeczytał w gazecie wzmiankę o istnieniu w Berlinie zboru baptystów, którzy praktykują chrzest osób świadomych. Po tym dostał on adres Lehmana – członka Berlińskiego zboru, do którego zwrócił się z zapytaniem o wierzenia baptystów. W odpowiedzi zbór w Berlinie wysłał dwóch delegatów: Klinkera i Steinberga. Tych dwóch z zaskoczeniem znalazło około 200 osób chcących wysłuchać ich poglądów. Ta dwójka razem z grupą szczecińską spędziła trochę czasu na rozmowach i studiowaniu Biblii. Grupa ze Szczecina była bardzo podbudowana i zadowolona z pobytu gości, jednakże podczas ich wizyty nie były podjęte żadne decyzje. Po odjeździe Berlińczyków Szczecinianie pilnie studiowali literaturę pozostawioną przez gości i doszli do przekonania o zgodności stanowiska baptystów z Biblią. Jan Klauder, Fritz Ehrke i August Haese pojechali do Berlina, gdzie 28 stycznia 1846r. Zostali ochrzczeni przez Hinrichsa. Po powrocie, 8 lutego 1846r. Odbył się pierwszy w Szczecinie chrzest baptystyczny. Odbył się on w Zalewie Szczecińskim i zostało ochrzczonych 8 osób. Do końca półrocza ochrzczono jeszcze około 120 osób.
Jednakże nie wszyscy z poprzedniego kręgu biblijnego zdecydowali się na ten krok. Część odstraszyły prześladowania, jakie spadły na nowo-ochrzczonych.
Zebrania baptystów zostały zakazane przez władze a przed domem Klaudera postawiono policjantów, którzy nie dopuszczali ewentualnych odwiedzających. W tej sytuacji Klauder zdecydował się na śmiały krok – pojechał do Berlina na dwór pruski, aby przedstawić królowi swoją sprawę. Niewątpliwie w uzyskaniu audiencji pomogły mu odznaczenia, które zdobył w czasie wojen napoleońskich. Rezultatem tego spotkania był królewski rozkaz do urzędu szczecińskiego by w uznaniu zasług wojennych Klaudera nie przeszkadzać mu w jego praktykach religijnych.
Jeszcze w tym samym roku powstał II-gi zbór baptystów. Jednakże nie było to spowodowane brakiem miejsca, lecz sukcesem, który popchnął Klaudera do pychy. Obydwa zbory połączyły się ponownie w 1849r. W tymże roku w lipcu połączony zbór był gospodarzem II-giej okręgowej konferencji Pruskiego Zjednoczenia Zborów. W archiwach zachowała się wzmianka z tamtego okresu, mówiąca o niezwykłej ofiarności Szczecinian, którzy na cele misyjne zrobili u siebie zbiórkę złotej biżuterii. Ich misyjność nie tylko wyrażała się datkiem, lecz również ciężką pracą misyjną. Efektem tego były placówki w Reczu, Czarnem, Barlinku, Miastku, Mieszewie i Dobrej. Najszybciej usamodzielniła się placówka w Reczu, która w 1856 r. stała się zborem liczącym 120 osób. W ślad za nią szły inne placówki.
Do 1909 przyjęto do zboru w Szczecinie poprzez chrzest 942 osoby. Ze względu na stały wzrost utworzono kolejny zbór w 1905r. z ilością 235 członków, który po 4 latach wzrósł do 389.
Czas dwóch wojen światowych był dla wszystkich czasem niepewności. Po drugiej wojnie światowej Niemcy musieli opuścić te tereny. Zdawać by się mogło, że to spowoduje koniec obecności baptystów w Szczecinie i okolicach, jednak Bóg sprawił inaczej. Otóż po wojnie przybył tu Julian Kuryłowicz, który zapoczątkował w polskim Szczecinie istnienie zboru baptystów. Prowadził on zbór z jedną przerwą. W czasie tej przerwy od 23 września 1949r. do 10 października 1950 r. zbór prowadził Marian Szajner. Później po Kuryłowiczu urząd pastora obejmuje Aleksander Kisiel, który pracował w tym zborze do 9 lipca 1958 r. Po nim, na ponad rok przyjechał Bolesław Kołodziej. Następnie przez pewien czas nie było pastora. Zbór jednakże funkcjonował dalej dzięki prowadzeniu go przez Mikołaja Radyka i Henryka Zarembę. Pod koniec 1960 r. pastorem został Aleksander Huryn, który pracował przez kilka lat. Po jego wyjeździe zborem opiekowali się bracia Piotr i Tadeusz Terefenko. W tym czasie zbór wysłał zaproszenia do 3 pastorów. W wyniku zgody samego zainteresowanego i pozytywnej oceny zboru 6 września 1970 r. na urząd pastora został wybrany Władysław Wakuła, który był najdłużej posługującym pastorem w powojennej historii zboru – służył ponad 30 lat. Po nim przez kolejne lata pastorami byli Gustaw Cieślar, Lech Kłodziński, Bartosz Kaczorek oraz Janusz Zwierzchowski. Obecnie pastorem jest Robert Merecz.
Zbór od 1855 roku spotyka się w wybudowanym przez siebie budynku przy obecnej ulicy Stoisława 4. Po II wojnie światowej budynek zabrano kościołowi i baptyści przez ponad 50 lat musieli płacić za możliwość używania swojej kaplicy dwa razy w tygodniu. Pozostała część budynku została zamieniona na mieszkania i warsztaty. Na początku lat 2000-nych kościołowi udało się odzyskać budynek, ale jest on w fatalnym stanie. Obecnie przeprowadzany jest remont całego budynku tak, aby mógł być wykorzystany przez kolejne dekady dla Boga i ludzi.